История развития муниципального автономного учреждения «Институт муниципального развития и социальных технологий» началась в 2007 году, решением Совета депутатов города Белгорода от 31 октября 2006 года №359 было образовано муниципальное учреждение «Институт муниципальных проблем».

В соответствии с Уставом муниципального учреждения «Институт муниципальных проблем», утвержденным постановлением администрации города Белгорода от 29 июня 2007 года N 92, основными предметами деятельности учреждения являлись:
— обеспечение реализации Стратегии развития города Белгорода до 2025 года;
— социологическая и статистическая диагностика ситуации в городе и выработка научно-практических рекомендаций органам местного самоуправления по решению проблем муниципалитета;
— научное руководство по составлению муниципальных программ;
— оказание научной, информационной и методической помощи органам местного самоуправления.

В должности директора учреждения работали: С.А. Боженов (2007-2010 гг.), В.И. Скурятин (2010 г.), Т.А. Бочарова (2010-2011 гг.), В.А. Воронов (2012-2014 гг.), Ю.В. Астахов (2014-2016 гг.), Б.В. Заливанский (2017-2019 г.г.). 
В декабре 2010 года учреждение было переименовано в муниципальное учреждение «Институт муниципального развития и социальных технологий». Новый виток в своем развитии он получил в 2011 году, когда в соответствии с распоряжением администрации города Белгорода от 16 августа 2011 года №2866 «О создании муниципального автономного учреждения «Институт муниципального развития и социальных технологий» был изменен тип муниципального учреждения на автономное.

В настоящее время деятельность МАУ «Институт муниципального развития и социальных технологий» осуществляется в соответствии с муниципальным заданием и подразумевает реализацию следующих задач:
— проведение аналитических исследований, направленных на оценку динамики социально-экономических процессов и явлений в жизни города, деятельности городских властей, изучение общественного мнения по актуальным для Белгорода проблемам; 
— формирование и актуализация базы данных муниципальной статистики, используемой для принятия управленческих решений в сфере муниципального управления; 
— мониторинг лучших российских и мировых муниципальных практик для определения стратегических и тактических направлений городского развития; 
— организация и проведение мероприятий, направленных на улучшение имиджа, узнаваемости и позиционирования города Белгорода, в том числе выпуск научно-практического журнала «Управление городом: теория и практика» (издание РИНЦ).